O deputado Júnior Magalhães conheceu a política cedo, dentro de casa. Sua mãe, Antônia Magalhães, hoje deputada federal, foi prefeita de Candeias, cidade natal do deputado e onde ele cursou todo o primário. Candeias é sua principal base eleitoral e lá ele foi o mais votado para deputado estadual nas eleições de 2006.
Casado, formado em Direito, o jovem deputado começou cedo a carreira política. Sua primeira experiência foi no Poder Executivo: foi secretário de Desenvolvimento Social em Candeias, com apenas 23 anos. Especializado em Políticas Públicas pelo Instituto Universitário de Pesquisa do Rio de Janeiro, em parceria com a Escola de Política e Governo da Universidade Cândido Mendes, Júnior Magalhães cumpre seu segundo mandato na Assembléia, já que foi eleito pela primeira vez em 2002 pelo Partido Progressista Brasileiro (PPB), renovando seu mandato em 2006.
Na Assembléia, dentre tantos cargos e funções, foi vice-líder da maioria e vice-líder do bloco da minoria. Assumiu a presidência da Comissão de Infra-estrutura, Desenvolvimento Econômico e Turismo e as vice-presidências da Comissão de Desenvolvimento Econômico e Turismo e da CPI que investigou a crise financeira da Ebal.