A origem de Nova Soure vem de 1560, quando os jesuítas da Companhia de Jesus começaram a viajar para o interior do Brasil. Os rios foram os caminhos utilizados nessa época. Durante a viagem, ao se deparar com os índios, os padres paravam, construíam escolas, casas e locais de orações. A história foi contada pelo deputado José Nunes (DEM), na moção de congratulações que ele apresentou na Assembléia Legislativa pela passagem dos 63 anos de emancipação política do município.

De acordo com Nunes, os jesuítas, usando o Rio Itapicuru como caminho, viajaram em direção à terra onde hoje é Nova Soure. Outro rio menor foi utilizado durante a viagem, o riacho Natuba, afluente do Rio Itapicuru. Nas terras que ficavam ao lado do riacho Natuba, encontravam-se cinco aldeias dos índios da tribo Kiriris. "Com a chegada dos padres Antônio Andrade e outros, que numa linguagem amorosa e paternal cativaram a amizade e confiança dos índios, estava fundada a missão do Natuba", relatou o parlamentar.

Missão do Natuba foi o primeiro nome dado a Nova Soure. Natuba é uma palavra de origem indígena que significa rio que nunca seca. Mais tarde, acrescentou José Nunes, vieram os colonizadores de origem portuguesa que, desenvolvendo a agricultura nas terras férteis da aldeia, contribuíram para o seu mais rápido desenvolvimento. Para ajudar no trabalho foram trazidos negros escravos, e mais portugueses. Dessa forma, a população de Nova Soure foi formada em grande parte pelo índio e branco e, em menor quantidade, pelo negro.

Só em 1758, no entanto, Nova Soure foi elevada à categoria de distrito, com o nome de povoado de Nossa Senhora da Conceição de Soure. Com o crescimento da população, aumentou também o desejo de emancipação. E, em 1º de junho de 1944, o município é finalmente emancipado com o nome de Nova Soure, em virtude de na época já existir, no Pará, um município com o nome de Soure.